該寺為南宋德佑元年（1275）伊斯蘭教創(chuàng)始人穆罕默德第十六世裔孫阿拉伯人普哈丁來揚州傳教時募款所建。與杭州鳳凰寺、廣州懷圣寺、泉州麒麟寺齊名，并稱我國四大清真寺院。

此寺融合了伊斯蘭建筑和我國古代建筑的風格特點。在興建此清真寺時就按鶴的形體從“嘴”到“尾”布局。

大門對面原有照壁墻為“鶴嘴”（1958年拆毀）；寺門是仿唐建筑，翹角牌樓，猶如鶴首昂起；從寺門至大殿，是一條狹長彎曲的甬道，形似鶴頸；大殿相當于鶴身。

大殿南北兩側有飛檐起翹的半亭，如同鶴翼（南側半亭即望月亭，北側半亭已圮）；大殿后左右兩側庭院，有古柏兩株，謂之鶴足。

殿后原臨河，遍植竹篁，形如鶴尾（填汶河筑路后竹篁不存）；大殿前，左右兩側各有水井一眼視為鶴目。

每逢伊斯蘭教節(jié)日，中外信仰者往往在這里聚禮，今日仙鶴寺已成為揚州和阿拉伯友好交往的一座標志。

2019年10月7日，仙鶴寺入選第八批全國重點文物保護單位名單。

交通位于市區(qū)南門街，背靠汶河南路公交1、5、9、6、7、16、旅游專線等公交可達。