在距今4000年以前，楚雄境內(nèi)先民多已進入新石器時代?，F(xiàn)-古發(fā)掘證明新石器文化遺址在楚雄州各縣均有發(fā)現(xiàn)，并以元謀、永仁、祿豐等縣最為集中，其中最具代表性的是元謀大墩子和永仁菜園子。

元謀大墩子新石器文化遺址位于元謀盆地蓮花村東南河岸高地。1972一1973年，考古工作者先后在此進行了兩次較大規(guī)模的發(fā)掘，收獲甚豐。發(fā)掘面約500平方米左右，所發(fā)掘的遺址分布在一條已經(jīng)干涸的河床旁邊的高地上。根據(jù)地層堆積與出土文物分析，大墩子新石器文化可分為早晚兩期。其文化層共兩段，第3一6層為晚期居住遺存，第7一9層為早期居住遺存。早、晚兩期出土物差異不明顯，屬同一文化相互聯(lián)接的兩個發(fā)展階段。根據(jù)中國科學院考古工作者進行碳十四測定，時間為距今3210

±　90年，相當于商代的晚期。

永仁菜園子新石器文化遺址位于永仁縣城西南，共有3個文化層，出士物有炭屑、果仁、骨器、石器、陶器、陶紡輪等。距地表1·2米處有半地穴式圓形住房，并有用火痕跡。據(jù)測定，距今為3400±500年，稍早于大墩子文化遺址。